Dag 2

För att undersöka om genen LL37 finns i vår renade DNA-lösning från Dag 1 använder vi först PCR-tekniken; med hjälp av specifika primers för LL37 samt enzymet Taq DNA-polymeras kan vi kopiera LL37-sekvensen i väldigt stor mängd. Resultatet av denna kopiering, amplifikatet, kan sedan analyseras med en gel-elektrofores, i vilken man kan utläsa och jämföra amplifikatets storlek med kända markörer.

Nedanstående foto visar resultatet av vår gel-elektrofores. 6 olika preparationer har placerats i separata lodräta brunnar. Från vänster: Positiv kontroll innehållande genen LL37, Markör III, Vårt prov, Markör IV, Negativ kontroll, Plasmidlösning. (Brunnarna har åskådliggjorts med UV-belysning.)

Frågor: 

Hur blev resultatet? Om du tycker att resultatet blev bra; vilka kontroller har du som gör att du kan lita på resultatet?Om resultatet blev misslyckat; vad tror du är den troligaste orsaken till att det misslyckades? Är det något du funderar på som du vill att vi tar upp vid genomgången nästa labdag eller vid labuppföljningen?

I den tredje brunnen från vänster i ovanstående foto ser vi att Vårt prov har gett upphov till en nukleinsyrasekvens som är av samma storlek som den sekvens som den Positiva kontrollen innehållande en känd LL37-gen också gav upphov till. Slutsatsen blir då att sekvensen som vi ser från Vårt prov också är genen LL37.

Även i brunn 5 från vänster ser vi emellertid att en sekvens som förefaller vara lika stor som LL37-genen har framträtt. Eftersom detta var vår Negativa kontroll är det mycket troligt att det här har skett en kontamination, m a o  har genen LL37 hamnat i vårt rör med den Negativa kontrollen och därefter kopierats och blivit synlig i elektroforesen. Vi kan därför inte veta om Vårt prov verkligen innehåller LL37-genen eller om genen tillförts provet via kontamination.